โดยธรรมชาติในลำไส้ใหญ่ของคนจะมีจุลินทรีย์อาศัยอยู่ประมาณ 400-500 ชนิด มีจำนวนมากกว่าหนึ่งร้อยล้านล้านตัว นับเป็นน้ำหนักรวมประมาณ 3 กิโลกรัมต่อคน จุลินทรีย์ในลำไส้มี 2 ประเภท คือ
1. จุลินทรีย์ที่ดี (จุลินทรีย์สุขภาพ) จะทำหน้าที่ในการสนับสนุนระบบการย่อยอาหาร การดูดซึมสารอาหารของสิ่งมีชีวิตที่มันอาศัยอยู่ และยังช่วยควบคุมแบคทีเรียที่เป็นอันตรายต่อร่างกายด้วย ซึ่งทำให้ร่างกายมีสุขภาพแข็งแรง
2. จุลินทรีย์ที่เป็นโทษ (จุลินทรีย์ก่อโรค) ที่ก่ออันตรายต่อลำไส้และสามารถแทรกซึมไปตามกระแสเลือด และส่งผลไปถึงทุกระบบของร่างกาย ทำให้สุขภาพร่างกายอ่อนแอ และทำให้เกิดโรคร้ายต่างๆ ตามมา เช่น โรคอุจจารระร่วง และโรคลำไส้อักเสบ บางชนิดอาจผลิตสารก่อมะเร็ง ซึ่งเป็นอันตรายต่อสุขภาพร่างกาย
จุลินทรีย์ที่ดีและจุลินทรีย์ที่เป็นโทษจะอยู่ร่วมกันอย่างสมดุลและควบคุมซึ่งกันและกัน ตราบใดที่จำนวนจุลินทรีย์ทั้ง 2 ฝ่าย มีจำนวนสมดุลกัน คือ จุลินทรีย์ที่มีผลดีต่อสุขภาพมีจำนวนมาก และแข็งแรงพอที่จะยึดผนังลำไส้ และต้านทานจุลินทรีย์ชนิดที่เป็นโทษไว้ได้ ร่างกายก็จะแข็งแรงดี แต่เมื่อใดก็ตามที่ร่างกายอ่อนแอ หรือได้รับยาปฏิชีวนะ จุลินทรีย์ที่เป็นโทษจะทวีจำนวนขึ้นและก่อให้เกิดโรคร้าย และเป็นอันตรายต่อร่างกาย สมดุลจุลินทรีย์จึงเป็นกุญแจสำคัญของการมีสุขภาพดีและอายุยืนยาว
ปัจจัยที่ทำให้แบคทีเรียในลำไส้เสียสมดุล ได้แก่ การรับประทานอาหาร ความเครียด ยาปฏิชีวนะ อายุ การเดินทาง การติดเชื้อ เป็นต้น เป็นสาเหตุทำให้แบคทีเรียที่ให้โทษเพิ่มมากขึ้น ทำให้สุขภาพอ่อนแอเจ็บป่วยง่าย ระบบย่อยอาหารทำงานผิดปกติ ซึ่งปัจจุบันนักวิจัยพบว่า มีอาหารที่สามารถปรับเปลี่ยนสมดุลของจุลินทรีย์ในระบบทางเดินอาหารได้ เรียกว่า โปรไบโอติกส์ (Probiotic) และพรีไบโอติกส์ (Prebiotic)
